Stanković je bio na čelu Vojno-medicinske akademije od 2002-2005. godine i važi za najmlađeg načelnika VMA u istoriji. Na najavu da će biti smenjen sa mesta načelnika VMA, odlučio je da sam ode u penziju.

Bio je član Jugoslovenskog komiteta za prikupljanje podataka o istraživanju zločina protiv čovečnosti i međunarodnog prava od 1993. godine. U decembru 1997. godine formirao je tim za istraživanje posledica NATO bombardovanja Republike Srpske zbog sumnje da su korišćeni projektili sa osiromašenim uranijomom. Bio je jedan je od najuglednijih forenzičara i patologa u Srbiji, a od 1995. godine radio je kao stručnjak Ujedinjenih nacija. U nekoliko slučajeva je svedočio pre Haškim tribunalom.

Ono što možda mnogi ne znaju je i njegov prijateljski odnos sa generalom Ratkom Mladićem. Ne samo da ga je posetio dok se Mladić nalazio u Specijalnom sudu, već je upravo Stanković bio glavni patolog na obdukciji mladićeve ćerke Ane koja je izvršila samoubistvo 1994. godine.

Podsećanja radi, Ana Mladić, inače tada jedna od najboljih studentkinja medicine 24. marta 1994. godine uzela je očev najdraži pištolj i u porodičnoj kući izvršila samoubistvo.  Bivši komadant Vojske RS oduvek je tvrdio da njegova ćerka Ana nije izvršila samoubistvo, već da je poginula “od srpske ruke”, a posle hapšenja je čak rekao i da zna imena navodnih ubica. Prema zvaničnoj verziji, 24. marta 1994. godine, Ana Mladić (24) izvršila je samoubistvo očevim pištoljem u porodičnoj kući u kojoj su u to vreme bili njeni brat i majka. U javnosti se dugo spekulisalo o motivima zbog kojih je Ana digla ruku na sebe. Istraga o smrti, navodno, nikada nije završena, jer bivši general VRS nije dozvolio.

Stanković je u jednom svom intervjuu rekao da će odneti u grob svoja saznanja o tome šta se desilo sa Mladićevom ćerkom Anom.

Najveći deo stvari koje sam radio otići će sa mnom u grob, kao i to šta se desilo sa Anom - rekao je tada Stanković.

Tada je na pitanje novinara da li je očekivao negativna reagovanja zbog posete Mladiću u Specijalnom sudu rekao da je bivšeg generala VRS posetio po nalogu istražnog sudije.

Kao ministar zdravlja i neko ko je obdukovao Mladićevu ćerku Anu, morao sam da ispunim zahteve sudije. Ministarstvo zdravlja nije, niti su lekari po nalogu ministarstva davali bilo kakve izveštaje o zdravlju Mladića. Za njegovo zdravstveno zbrinjavanje, sudsko-medicinsko veštačenje njegovog zdravstvenog stanja i sposobnosti da se pojavi na sudu, odnosno bude transportovan u Hag bio je nadležan istražni sudija. On je doneo odluke na osnovu mišljenja pet lekara iz bolnice Okružnog zatvora, a mi nismo imali uvid u te izveštaje - rekao je Stanović tada.

O tome kakav je bio njegov prvi utisak kada je video Mladića, Stanković je rekao:

"Poslednji put sam ga video pre 13 godina. Po meni, kod njega se promenilo sve. Ostale su samo njegove oči. Video sam jednog starca. Nisam video Ratka Mladića, već starog čoveka koji veoma otežano govori, otežano se kreće, koji ne može da ustane i napravi par koraka a da ga ne pridržite da ne padne", rekao je tada Stanković.

Na konstataciju da pojedini politički protivnici ne odobravaju tu posetu Stanković je rekao:

"Ne želim nikome da napravi prijateljski odnos na način kako je on nastao između Mladića i mene, a to je zbog smrti njegove ćerke. A oni koji to komentarišu na zlonameran način neka sednu i pročitaju bar nešto u životu, a to je kako se ponaša čovek ili životinja kada izgubi svoje dete, odnosno mladunče. I da mi više niko o tome ne drži lekciju. Bio on ratni zločinac, ovakav ili onakav, ja sam nožem rezao telo njegove ćerke i on ima pravo, a ne samo on, nego svi čiju sam decu obdukovao, da me pozove. I da su mi rekli - kad posetiš Ratka Mladića, čim izađeš, mrtav si, rekao bih - da, posetiću ga".

- Ispade da biste život dali za Ratka Mladića?

- Ne samo za Mladića, čiju sam ćerku obdukovao. Isto to bih učinio i da me pozove 5.000 - 6.000 ljudi čije sam bližnje obdukovao u ratu, čak i da znam da ću posle toga imati najgore posledice.

O glasinama koje su u to vreme bile veoma izražene a ticale su se tvrdnji da je Mladić 2009. lečen na VMA, Stanković je istakao:

"To je, po meni, potpuno nemoguće, mada, ako postoji takva dokumentacija, to se lako može proveriti. Drugo, ako je to tačno, Mladićev advokat je trebalo odmah da kaže koja je zdravstvena ustanova u pitanju. Zašto su izbrisane oznake na tom dokumentu? Ako je to istina, onda je to problem za široki krug ljudi. Ali, ako nije istina, zakon mora da se primeni, odnosno neko mora da odgovara zbog toga."