I dok se broj naučnih članaka o ovom virusu povećava, još uvek postoji mnogo nedoumica u vezi sa njegovim poreklom.

U kojim se životinjskim vrstama pojavio? Šišmiš, pangolin ili druga divlja vrsta? Odakle dolaze? Iz pećine ili šume u kineskoj provinciji Hubei ili sa nekog drugog mesta?

U decembru 2019. godine 27 od prvih 41 hospitalizovanih osoba (66 procenata) prošlo je kroz pijacu koja se nalazi u srcu grada Vuhan u provinciji Hubei. Ali, prema studiji sprovedenoj u bolnici Vuhan, prvi identifikovani čovek koji je oboleo od korone, nije često bio na ovom mestu.

Molekularno datiranje zasnovana sekvencama gena SARS-CoV-2 ukazuje na njegovo poreklo u novembru. Ovo otvara pitanje veza između ove epidemije COVID-19 i divljih životinja.

Kineski istraživači su brzo sekvencirali genom SARS-CoV-2 i ustanovili da je to molekul RNA od oko 30.000 baza koji sadrži 15 gena, uključujući S gen koji kodira protein koji se nalazi na površini virusne opne.

Uporedne analize gena pokazale su da SARS-CoV-2 pripada grupi betakoronavirusa i da je veoma blizu SARS-CoV, odgovornog za epidemiju akutne upale pluća koja se pojavila u novembru 2002. u kineskoj provinciji Guangdong, a zatim se proširila na 29 zemalja u 2003. godini

Tada je zabeleženo 8.098 slučajeva, uključujući 774 smrtna slučaja. Poznato je da su šišmiši iz roda Rhinolophus bili rezervoar ovog virusa i da je mali mesožder, Palmin civet mogao da posluži kao posredni domaćin između slepih miševa i prvih slučajeva čoveka.

Od tada su otkriveni mnogi betakoronavirusi, uglavnom kod slepih miševa, ali i kod ljudi. Na primer, RaTG13, izolovan od šišmiša vrste Rhinolophus affinis iz kineske provincije Iunan, nedavno je opisan kao veoma sličan SARS-CoV-2, sa genskim sekvencijama identičnim 96 odsto.

Ovi rezultati pokazuju da slepi miševi, a posebno vrste roda Rhinolophus, čine rezervoar virusa SARS-CoV i SARS-CoV-2.

Ali kako definisati rezervoar?

Rezervoar je jedna ili više životinjskih vrsta koje nisu osetljive ili barem nisu puno osetljive na virus. Odsustvo simptoma bolesti objašnjava se efikasnošću njihovog imunološkog sistema, što im omogućava da se bore protiv prevelike proliferacije virusa.

Saznali smo 7. februara 2020. da je u pangolinu otkriven virus još bliži SARS-CoV-2. Sa 99 odsto podudaranja u genomu ovo navodi na to da je ova životinja pre rezervoar virusa a ne da su to slepi miševi.

Međutim, nedavno istraživanje pokazuje da je genom koronavirusa izolovan iz malezijskog pangolina manje sličan SARS-Cov-2, sa samo 90 odsto genomskog podudaranja. Ovo bi ukazalo da virus izolovan u pangolinu nije odgovoran za epidemiju COVID-19 koja trenutno besni.

Međutim, koronavirus izolovan iz pangolina je sličan 99 odsto specifičnom regionu proteina S, što odgovara 74 aminokiseline uključene u domen vezivanja ACE receptora koji omogućava virusu da uđe u ljudske ćelije i da ih inficira.

Suprotno tome, virus RaTG13 izolovan iz šišmiša se veoma razilazi u ovoj specifičnoj regiji (samo 77 odsto sličnosti). To znači da koronavirus izolovan iz pangolina može da uđe u ljudske ćelije dok onaj izolovan iz ne može.

Pored toga, ova genomska poređenja sugerišu da je virus SARS-Cov-2 rezultat rekombinacije između dva različita virusa, jednog bliskog RaTG13, a drugog bliže pangolin virusu.

Drugim rečima, to je himera između dva prethodno postojeća virusa.

Ovaj mehanizam rekombinacije već je opisan kod koronavirusa, posebno radi objašnjavanja porekla SARS-CoV. Važno je znati da rekombinacija rezultira novim virusom koji potencijalno može zaraziti novu vrstu domaćina.

Da bi došlo do rekombinacije, dva različita virusa moraju istovremeno da inficiraju isti organizam.

Dva pitanja ostaju bez odgovora: u kom organizmu se ta rekombinacija dogodila? I iznad svega - pod kojim uslovima se ta rekombinacija odvijala?