O Svetom Joanikiju ne zna se mnogo pre no što je postao arhiepiskop srpski. Sigurno je da je rođen od pobožnih srpskih roditelja (izgleda negde oko Prizrena), koji su najverovatnije bili blagorodnijeg porekla. Da je Joanikije bio vrlo sposoban i obdaren vidi se iz toga što ga je tadašnji srpski vladar Stefan Dušan uzeo na svoj dvor za svoga logoteta.
Kada pak preminu tadašnji arhiepiskop srpski Danilo II (1324-1337), tada bi sazvan crkveni sabor na kome za arhiepiskopa bi izabran Sveti Joanikije. To beše 3. januara 1338. godine. Poput velikih svetitelja Božjih i jeraraha Crkve Hristove Tarasija, Nikifora, Fotija i ostalih, i ovaj sveti bi izabran iz redova laika i brzo prođe sve monaške i svešteničke činove, i tako bi hirotonisan za arhiepiskopa na prestolu Svetoga Save.
Kao arhiepiskop, Sveti Joanikije II je radio na dobro Crkve Božje i na spasenje svoje Bogom poverene mu pastve. Tadašnju prvoprestolnu crkvu u Peći, koju podigoše arhiepiskopi Nikodim i Danilo, on dade ukrasiti divnim ikonama i freskama i svim ostalim potrebnim stvarima.
U to vreme srpski kralj Stefan Dušan osvoji mnoge grčke krajeve na jugu i proširi veoma svoju zemlju, pa zbog toga reši da se proglasi za cara. Pritom on odluči da i srpskog arhiepiskopa saborski uzvisi na stepen patrijarha. Jer ovaj kralj srpski ne malo poštovaše Svetog arhiepiskopa Joanikija i veliku mu čast ukazivaše. Tako jednom prilikom u Prištini, kada tamo Dušan dočekivaše grčkog vladaoca Jovana VI Kantakuzena i za tu priliku dođe pozvan i Arhiepiskop Joanikije, sam kralj prihvati na svoje ruke nogu Svetog arhiepiskopa, dok ovaj sjahivaše sa konja, i smireno ga celiva u ruku proseći od njega blagoslov.
O samom pak proglašenju Arhiepiskopa srpskog Joanikija za patrijarha i Srpske arhiepiskopije za patrijaršiju, evo šta pišu biografi srpskih kraljeva i arhiepiskopa: “Posle prestavljenja gospodina Arhiepiskopa kir Danila (Drugog), gospodin kralj Stefan (Dušan) postavi svoga logoteta na prestolu Svetoga Save, i on ostade u arhijerejstvu osam godina. Kada je tada gospodin kralj Stefan (Dušan) u to vreme zauzeo mnoge zemlje i gradove grčke, on se venča na carstvo u gradu Skoplju i postavi Arhiepiskopa kir Joanikija za patrijarha.
Joanikije patrijarh prebivao je u domu Spasovu i ukrašavao je veliku crkvu mnogočasnim i svetim ikonama i mnogo različnim sveštenim sasudima, i drugim različnim zlatnim i srebrenim potrebama, ukrašenim biserom i kamenjem, kao što svedoči pismeni crkveni katastih. I postavi mnoga srebrna kandila, koja sa sobom donese, i još k tome priloži domu Spasovu mnoga sela, i crkve u njima sazda, i na Karmilu (u Svetoj Zemlji) sazda crkvu Svetog Ilije i na Tavoru crkvu Svetog Nikole”. Toliko o tome pišu biografi.
Ovo pak proglašenje Svetog arhiepiskopa Joanikija za patrijarha srpskog nije bilo samo po želji i volji kralja Dušana, koji je, hoteći da se pomaže za cara Srba i Grka, znao da to može učiniti samo patrijarh, nego je proglašenje Srpske patrijaršije bilo saborno, na velikom crkvenom saboru u Skoplju (na Cveti 1346. godine), gde su učestvovali i patrijarh bugarski Simeon, i arhiepiskop ohridski Nikolaj, i mnogi episkopi i klirici srpski i bugarski, a takođe i sam svešteni prot Svete Gore i mnogi svetogorski monasi sa njim.
Srpska crkva je još od Svetog Save bila priznata od Carigradske patrijaršije kao potpuno samostalna i autokefalna, zbog čega je ovaj sabor u Skoplju smatrao da može nesmetano arhiepiskopa srpskog proglasiti za patrijarha, te tako ovaj Sveti Joanikije II i postade milošću Božjom prvi Srpski patrijarh “vsem Serblem i Pomoriju”, to jest patrijarh “svih Srpskih zemalja i Pomorskih”.
Posle ovoga je Svjatjejši Patrijarh srpski Joanikije pomazao (na Uskrs 1346. godine) kralja Dušana za cara svih Srba, Albanaca i Grka, a uskoro zatim (na Spasovdanskom saboru u Skoplju 1349. godine) zajedno sa njim doneo je mnogoznačajni srpski Zakonik, kojim je uzakonjeno srpsko carstvo, i pravda i poštenje u njemu, i “svaka pravila svetih i božanstvenih crkava”. Po proglašenju patrijaršije, Skopska mitropolija je postala prvoprestolna u Srpskoj crkvi, a odmah iza nje dolazila je Ohridska arhiepiskopija. Osnovane su još Zletovska i druge nove episkopije, i na njih su postavljeni srpski jerarsi. Protiv svega ovoga ništa nisu rekli tadašnji patrijarsi u Carigradu Jovan Kaleka (1334-1347 g) i Isidor (1347-1349 g).
Srpski car Dušan Silni Stefan Uroš IV Dušan Nemanjić, poznatiji kao Dušan Silni, bio je pretposlednji srpski kralj i car iz dinastije Nemanjića. Imao je titulu kralja od 1331. do 1346. godine, a zatim je postao i prvi krunisani car srpske države, kad ga je na Vaskrs 16. aprila 1346. godine krunisao prvi srpski patrijarh Joanikije II. Dušan je vladao nad novonastalim srpskim carstvom više od 9 godina do svoje smrti 20. decembra 1355. godine. Car Dušan je opisan kao energičan vladar, jakog karaktera i temperamenta, zato se često u izvorima i literaturi javlja i pod imenom „Dušan Silni”.
Poslednji dani prvog srpskog patrijarha
Uskoro posle ovoga približi se i končina zemaljskog života svetog patrijarha Joanikija. A ona bi ovako. Kada u jesen 1354 . godine napadoše sa severa na srpsko carstvo Ugari (to jest Mađari), car Dušan ustade i krete na njih. Došavši u predele svetog manastira Žiče, on posla da mu iz Peći dozovu u Žiču Svjatjejšeg Patrijarha Joanikija da sa njim nešto progovori o crkvenim i državnim stvarima.
No kada Sveti patrijarh stiže u Žiču, on se tu brzo razbole, i po svojoj želji bi ponesen onako bolestan u svoju Patrijaršiju u Peć. No on tamo ne stiže, jer još na putu izdahnu i predade dušu svoju u ruke Gospoda svoga. O tome se ovako kaže u spomenutom životopisu kraljeva i arhiepiskopa srpskih: “Posle nekog vremena, đavo, iskonski zavidnik roda čovečjega, podiže rat i zavist među carem Stefanom (Dušanom) i ugarskim kraljem. I kad je car Stefan stao na Paklarima (kod Rudnika) sa svima svojim vojskama, napisa i zamoli Patrijarha da dođe u Žiču.
I kad je Patrijarh došao u Žiču, posle malo dana upade Patrijarh u neisceljivu bolest. I sam zapovedi da ga dignu i odnesu u Peć. I kada se tada sabrao sav sabor žički, uzeše patrijarha i poneše ga; i kad je bio nošen, prestavi se na putu u Polumiru u Sutesci (kod današnjeg Ušća na Ibru). I kad je bio donesen u Peć, bi položen u grob (koji sam sebi beše naznačio). I požive on u svetiteljstvu na prestolu Svetoga Save šesnaest godina i osam meseci, i u miru usnu u Gospodu, meseca septembra u treći dan, u šesti čas noću (godine 1354.)”. Telo Svetog patrijarha Joanikija položeno bi u srednju crkvu Pećke patrijaršije, tamo gde se ono i do danas nalazi (to jest u crkvi Svetih apostola). Iznad njegovog svetog groba naslikana je na zidu freska koja izobražava njegovo čeono usnuće u Gospodu.
Uskoro za Svetim Joanikijem preminu iznenada i srpski car Stefan Dušan (20. decembra 1355. godine). No pre njegove smrti, a ne znamo da li za života Svetog Joanikija patrijarha ili pošto on preminu, tadašnji Patrijarh carigradski Kalist “posla i odluči cara sa patrijarhom i njegove arhijereje”, kako to kaže jedan od kasnijih letopisaca.
Ovaj isti letopisac dodaje još i ove reči: “Kada je pak ovo bilo, onda se car pokaja, i zaiska razrešenje za ovo zlo, ali ga nije mogao naći radi dostojanstva i gradova! I posle ovoga razreši se car od ovoga života i predade se grobu, ostavivši ovu zlobu nepogrebenu”. Ovo što piše spomenuti letopisac pokazuje da je svojim postupcima car Dušan bio uvredio Carigradskog patrijarha i grčkog cara, jer je preoteo mnoge grčke pokrajine i gradove i iz njih nasilno proterao grčke arhijereje. Zbog toga je i došlo do prekida jedinstva i hrišćanske zajednice ljubavi i mira između Carigradske i Srpske patrijaršije, ali ta žalosna stvar nije dugo potrajala. Sam Svjatjejši patrijarh vaseljenski Kalist došao je potom na srpski dvor u grad Ser, kod udove cara Dušana blažene carice Jelene, i sa njom razgovaraše o potrebi mira i jedinstva. Ali se on ubrzo tu upokojio, te nije mogao sam tu stvar okončati.
Nekoliko godina kasnije, za vreme Svetog cara Lazara, Svjatjejši patrijarh vaseljenski Filotej posla dvojicu svojih klirika “a srpski dvor u Prizren, i oni došavši, uđoše u crkvu i služiše zajedno i pričestiše se sa svetiteljem (to jest sa tadašnjim Srpskim patrijarhom), i sa srpskim sveštenicima koji ranije biše odlučeni … i oprostiše cara Stefana (Dušana), Joanikija patrijarha i Savu patrijarha i cara Uroša, i sve male i velike, jer se sjediniše udovi glavi i Crkva opet dobi svoje blagoljepije”. Tako ova nesloga bi brzo uklonjena ,i mir i sloga nastupiše među sestrinskim po veri i ljubavi Crkvama, to jest Carigradskom i Srpskom patrijaršijom, na čijim svetim prestolima seđahu ovakvi Sveti patrijarsi kao što behu Kalist i Filotej u Carigradu i Sveti Joanikije u Srpskoj crkvi, a posle njega njegovi sveti naslednici Sava IV i Sveti Jefrem patrijarh, o kojima se govori opširnije u njihovim posebnim Žitijama. Molitvama svih njih neka Gospod pomiluje i nas grešne. Amin.